（1）在客觀方面，審查工作的主要內(nèi)容之一就是判斷申請商標(biāo)是否與他人在先注冊或者在先申請的商標(biāo)（下稱在先商標(biāo)）相沖突，即申請商標(biāo)是否與在先商標(biāo)構(gòu)成了同一種或者類似商品上的相同或近似商標(biāo)。這一工作在技術(shù)上主要依賴商標(biāo)注冊與管理自動化系統(tǒng)來進(jìn)行。該自動化系統(tǒng)將所有的在先商標(biāo)納入數(shù)據(jù)庫，審查員通過運行審查程序來檢索該數(shù)據(jù)庫，將申請商標(biāo)與符合條件的在先商標(biāo)進(jìn)行比較，作出判斷。但這種方式存在兩點缺陷：
第一，數(shù)據(jù)庫記錄的信息可能存在差錯。因為建立數(shù)據(jù)庫是通過人工勞動完成的，該數(shù)據(jù)庫記錄了數(shù)百萬條的商標(biāo)信息，存在差錯在所難免。
第二，審查程序本身不可能檢索出所有的相同或近似商標(biāo)。商標(biāo)相同或近似的情況極其復(fù)雜，盡管審查程序的設(shè)計盡可能全面地考慮了商標(biāo)相同或近似的類型，但顯然無法窮盡。例如，對于字形相近的文字商標(biāo)，現(xiàn)有的審查程序很難檢索出來。

（2）在主觀方面，由于審查員在專業(yè)范圍、知識面及工作經(jīng)驗等方面存在著個體差異，審查工作必然會受到主觀方面的因素影響。針對相同類型的個案，不同的審查員可能得出截然相反的判斷結(jié)果。

（3）商標(biāo)局實質(zhì)審查工作只根據(jù)商標(biāo)注冊申請人提供的材料來進(jìn)行，一般只能就申請商標(biāo)是否違反禁用條款、是否與在先商標(biāo)相沖突作出判斷。至于那些申請注冊商標(biāo)損害除在先商標(biāo)權(quán)而外的其他在先權(quán)利以及以不正當(dāng)手段搶先申請注冊他人已經(jīng)使用并有一定影響的商標(biāo)等問題，難以通過實質(zhì)審查工作來解決。